Auf der Bierflasche der Fürstlich Fürstenbergischen Brauerei ist als Gründungsdatum das Jahr 1705 angegeben. Die Brautradition in Donaueschingen reicht jedoch bis in das Jahr 1293 zurück. Es ist belegt, dass 1575 in der Fürstenberg Brauerei schon zwei verschiedene Biersorten gebraut wurden.
1895 begann die Brauerei als eine der ersten in Deutschland mit der Produktion eines Bieres Pilsener Brauart. Das Fürstenberger Pilsener wurde 1900 von Kaiser Wilhelm II. gar zum „Tafelgetränk Seiner Majestät“ erhoben.
Die Bügelflasche der Fürstenberg Brauerei ist aus grünem Glas gefertigt. Auch heute noch setzen die meisten deutschen Brauereien auf eingefärbte Glasflaschen, um das Bier vor äußeren Einflüssen zu schützen. Sonnenlicht, Sauerstoff und Wärme wirken sich negativ auf den Geschmack aus. Besonders gefürchtet ist der sogenannte Lichtgeschmack. Verantwortlich ist die UV-Strahlung im Licht. Sie zersetzt die im Bier befindlichen Hopfenbitterstoffe zu 3-Methyl-2-buten-1-thiol – einem übelriechenden schwefelhaltigen Terpenoid. Chemisch ist dieser Stoff mit dem Analdrüsensekret von Stinktieren verwandt. Das Bier wird ungenießbar.
Seit 2005 gehört die Brauerei zur heutigen Paulaner Brauerei Gruppe.
