Zu einer folgenschweren Zäsur und Katastrophe kam es nur wenige Jahre nach den Abmachungen von 1333: Im Verlauf der Ausbreitung der Pest, des "Schwarzen Todes", wurden vielerorts die Juden beschuldigt, die Seuche verursacht zu haben. Die einsetzende Verfolgung der jüdischen Gemeinden machte auch vor Speyer nicht Halt, wo es im Januar 1349 zu einem Pogrom kam. Die jüdische Gemeinde wurde ausgelöscht, zahlreiche Gemeindemitglieder wurden ermordet. König Karl IV., der während der Pogrome als oberster Schutzherr der Juden im Reich eine unrühmliche Rolle spielte, verlieh im März 1349 der Stadt Speyer allen Besitz der Juden. Die Stadt, die wegen des Kreditgewerbes auf die Wiederansiedlung der Juden angewiesen war, hatte den König zuvor um Verzeihung wegen des Pogroms gebeten. Gleichzeitig verbot man den eigenen Bürgern, wie sich aus dem "Statutenbuch" ergibt, unter Androhung einer zehnjährigen Verbannung, den König um die Übertragung von Judenhäusern zu bitten - mit Erfolg.
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