Die Ausgrabungen in den Jahren 1965 bis 1968 boten zum ersten Mal die Möglichkeit, die schriftliche Überlieferung zu überprüfen und neue Erkenntnisse zu den Bauwerken im Judenhof zu gewinnen. Günter Stein, der seit 1962 am Historischen Museum der Pfalz als Kurator tätig war, übernahm dabei die Leitung der Ausgrabung für den jüngeren Abschnitt mit den Befunden zum mittelalterlichen Judenhof.
Stein konnte vor allem den Bereich zwischen Synagoge und Mikwe intensiv untersuchen. Mit Hilfe der Keramikfunde aus der Baugrube des Bades ließ sich dabei die Datierung der Mikwe in die erste Hälfte des 12. Jahrhunderts bestätigen. Während Stein zu der in den Quellen erwähnten jüdischen Bäckerei nur wenige Hinweise finden konnte, lässt sich die Existenz einer Badestube über der Mikwe durch die Funde nachweisen: Neben großen Mengen von Ofenkacheln, wie sie für beheizte Stuben charakteristisch sind, verweisen auch Fragmente von Schröpfköpfen auf den mittelalterlichen Badebetrieb.
Archäologische Ausgrabungen erbrachten auch in der jüngeren Vergangenheit neue Erkenntnisse zum mittelalterlichen Baubestand. So legte Christoph Engels im Jahr 1997 bei einer Sondage an der Nordostecke der Synagoge die Grundmauern eines Ziegelbaus frei, der wohl als Jeschiwa (Lehrhaus) zu deuten ist. Bei der von Monika Porsche im Jahr 2001 durchgeführten Grabung konnten nach dem Abbruch der Wohnhäuser erstmals auch die Synagoge und die Frauenschul erfasst und eine detaillierte Baugeschichte erstellt werden.
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