Die Pflanzenreste aus dem Travertin sowie Pollenanalysen der Seesedimente geben Hinweise auf die Zusammensetzung der ehemaligen Pflanzenwelt von Bilzingsleben. So ließ sich die Existenz von Eichen-Hainbuchenwäldern mit höherer Beteiligung der Hasel, Kiefer, Ulme und Erle in der weiteren Umgebung nachweisen.
Die Pflanzenabdrücke im Travertin stammen von der Vegetation am See und aus seiner unmittelbaren Nähe. Danach gab es lichte und trockene, artenreiche Eichen-Buchsbaumwälder, wie sie heute im nördlichen Mittelmeergebiet vorkommen. Wie diese waren sie mit Gebüsch, Strauchfluren und offenen Biotopen vom Typus der Steppenwiesen durchsetzt. An anderen Stellen herrschten Buchsbaum Fliedergebüsche, Hasel- oder Wacholder-Felsmispelgebüsche vor, so an den nach Süden gerichteten Talhängen.
An besonders exponierten Stellen waren Trockenrasen und Felsheiden ausgebildet. In der Aue gediehen artenreiche Mischwälder, die in feuchteren Gebieten in Erlenbrüche und Weidendickichte, schließlich in größere Riedflächen übergingen. Neben dem Buchsbaum (Buxus sempervirens) wurden noch andere Arten nachgewiesen, die heute unserer Flora fremd sind und aus dem mediterranen Raum stammen.
Sie sind besonders anspruchsvoll wie der Feuerdorn (Pyracantha cocccinea), Zürgelbaum (Celtis australis), Sadebaum (Stinkwacholder, Juniperus sabina), Köröser Flieder (Syringa josikaea) oder die Weinrebe (Vitis sylvestris).
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