Nach fast 65-jähriger Sammeltätigkeit wurde die Unterbringung der Sammlungen im Mainzer Schloss für die Rheinische Naturforschende Gesellschaft ein immer schwierigeres Unterfangen. Kurz nach der Jahrhundertwende zeichnete sich aber eine endgültige Lösung für diese Problematik ab, die zur Gründung des Naturhistorischen Museums in Mainz führte. Ausgangspunkt war ein Beschluss der Stadtverordnetenversammlung im Jahr 1900, dem Römisch-Germanischen-Zentralmuseum die gesamten Räumlichkeiten des kurfürstlichen Schlosses zur Verfügung zu stellen. Die Stadtbibliothek und die Sammlungen der Rheinischen Naturforschenden Gesellschaft benötigten daher eine neue Unterkunft. Zahlreiche Vorschläge wurden diskutiert, bis 1904 zwischen der Bürgermeisterei und dem Vereinsvorstand um den Ersten Vorsitzenden, Medizinalrat Dr. Josef Theodor Kirnberger, seinen Stellvertreter Prof. Dr. August Nies, Schriftführer Prof. Dr. Josef Mayrhofer und Kassenwart Dr. Edmund Egger eine Lösung gefunden wurde. Diese sah vor, die Sammlungen der Rheinischen Naturforschenden Gesellschaft als Naturhistorisches Museum in der denkmalgeschützten Kirche des ehemaligen Klosters der Reichen Klarissen (Reichklara) unterzubringen. Das Kloster war 1899 in das Eigentum der Stadt übergegangen. Schnell wurde jedoch klar, dass die beträchtlichen Kosten für den Umbau der verwahrlosten Kirche, die seit Jahrzehnten ungenutzt geblieben war, von der Gesellschaft nicht geleistet werden konnten. Die Bürgermeisterei und der Vorstand trafen daher eine grundlegende Übereinkunft: Die Stadt finanzierte den Um- und Innenausbau der Reichklarakirche und schuf somit die baulichen Voraussetzungen für ein Naturhistorisches Museum, im Gegenzug sollte die Gesellschaft ihre vollständigen Sammlungen in den Besitz der Stadt übergeben.
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